我校于1998年经国务院学位委员会批准为硕士学位授予单位，并开始招收普通硕士学位研究生。2004年获得接受以同等学力身份在职申请硕士学位授权，并开始接受和培养学员，已有100余名学员通过在职申请获得硕士学位。2008年获准开展临床医学专业学位研究生教育。目前有外科学、影像医学与核医学、病理学与病理生理学、老年医学、神经病学、护理学、病原生物学、免疫学、人体解剖与组织胚胎学、神经生物学、药理学、内科学、妇产科学、运动医学、肿瘤学、流行病与卫生统计学等16个硕士学位授权学科点。现有全日制普通硕士研究生560余名，以同等学力身份在职申请硕士学位的学员500余名。
    学校拥有620余人组成的研究生指导教师队伍，其中具有博士学位者占46%。学校投资3000余万元建立了动脉粥样硬化研究所、外科学研究所、老年病研究所等十余个专业研究所，能够满足不同形式在校研究生进行学位课题研究需要。为扩展研究生视野，加强校内外学术交流，吸纳更多社会人才资源，学校还在北京、上海、南京、杭州、济南、青岛、西安、成都等地建有研究生培养基地，遴选了部分导师，进行硕士研究生的科研能力和临床技能培养。同时，学校与日本、韩国、美国、乌克兰、新加坡、香港、台湾等15个国家或地区的高校、医院建立了比较稳定的学术交流关系。每年选拔部分在校研究生前往国外友好学校做短期实验研究。
    研究生部在校党委和校行政领导下开展研究生教育工作，由党政班子组成，主要有研究生部党总支、研究生部教工党支部、学生党支部、研究生招生科、培养科、学位办、学生工作办公室等机构，全面负责学校的研究生教育工作。